Um dos elementos fundamentais para o sucesso da colonoscopia é o preparo do intestino. O objetivo é limpeza para visualização adequada. Geralmente, existe um método padronizado que serve para a grande maioria dos casos. Ele consiste numa dieta prévia associada ao uso de medicamentos laxantes e, ao final utiliza-se uma solução de manitol, por via oral, que promove a limpeza dos cólons, eliminado todos resíduos e fezes.
Casos especiais, como nas pessoas que apresentam diarreia, sofrem de diabetes, ou possuem idade avançada ou condições clínicas delicadas, devem ser orientados pelo seu médico.