Fumar relaxa o esfíncter esofágico inferior, facilitando o retorno do ácido do estômago para o esôfago, causando refluxo, azia e inflamação. O cigarro aumenta a produção de ácido gástrico e reduz a produção de bicarbonato, que protege o revestimento do estômago, aumentando o risco de úlceras. Além disso, suas substâncias carcinogênicas danificam o DNA das células do esôfago e estômago, aumentando as chances de câncer. Fumar ainda aumenta a inflamação intestinal e está associado a uma maior incidência e gravidade da Doença de Crohn. O tabagismo pode alterar a motilidade intestinal, causando constipação ou diarreia.